O Territorial Sindical tem suas raízes na mobilização da categoria que se iniciou em 1997, com uma proposta de criação de associação em encontro técnico de Engenheiros Agrônomos do Incra em Viçosa (MG). Os servidores reivindicavam representação, defesa profissional e melhorias salariais.
Em abril de 1998, em São Luís (MA), decidiu-se criar uma entidade representativa. A Associação Nacional dos Engenheiros Agrônomos do Incra (Assinagro) foi homologada em 31 de março de 1998.
A Lei nº 10.550, de 13 de novembro de 2002, estruturou a Carreira de Perito Federal Agrário e criou as gratificações GDAPA e GEPRA. A Lei nº 11.090/2004 trouxe reajustes e mudanças nas atribuições.
O I Congresso Nacional dos Peritos Federais Agrários ocorreu em 2011 em Brasília, quando os associados decidiram transformar a Assinagro em Sindicato. O SindPFA foi criado em Assembleia Geral realizada em 5 de dezembro de 2011.
Em novembro de 2016, a entidade recebeu o Registro Sindical, após quatro anos de espera. Naquele mesmo ano realizou-se o II Congresso Nacional, em Brasília, que estabeleceu as diretrizes de atuação da entidade.
Com a reestruturação da carreira e a criação da denominação Perito Federal Territorial (PFT), a entidade passou a atuar sob o nome Territorial Sindical, consolidando sua missão de representar os profissionais que atuam na governança territorial, fundiária e patrimonial brasileira.