A Carreira de Perito Federal Territorial foi instituída pela Lei nº 10.550, de 13 de novembro de 2002, originária da conversão da Medida Provisória nº 47, de 26 de junho de 2002. A lei estruturou a carreira e criou as gratificações GDAPA e GEPRA.
O quadro profissional foi formado inicialmente por Engenheiros Agrônomos oriundos de concursos públicos do antigo Departamento Administrativo de Serviço Público (Dasp). Outros foram contratados em Projetos Fundiários, Projetos Integrados de Colonização (PIC) e Projetos de Assentamento Dirigido (PAD).
Com a sanção da Lei nº 8.112/1990, os Engenheiros Agrônomos foram enquadrados no Regime Jurídico Único dos Servidores Públicos da União. A Lei nº 11.090/2004 trouxe novos reajustes e mudanças nas atribuições da carreira.
Em 2008, a Medida Provisória nº 431 reformulou a estrutura remuneratória, incorporando gratificações ao vencimento básico e reduzindo os padrões de carreira de 20 para 16. Desde então, a carreira passou por sucessivos processos de negociação e valorização, com acordos salariais firmados em 2014 e 2016.
Os concursos públicos para a carreira foram realizados nos anos de 1987, 1996, 2004, 2005 e 2010.